Struktur kurikulum menggambarkan konseptualisasi konten kurikulum dalam bentuk mata pelajaran, posisi konten mata pelajaran dalam kurikulum, distribusi konten mata pelajaran dalam semester atau tahun, beban belajar untuk mata pelajaran dan beban belajar per minggu untuk setiap peserta didik.
Struktur kurikulum merupakan aplikasi konsep pengorganisasian konten dalam sistem belajar dan pengorganisasian beban belajar dalam sistem pembelajaran. Pengorganisasian konten dalam sistem belajar yang digunakan adalah sistem semester sedangkan pengorganisasian beban belajar dalam sistem pembelajaran berdasarkan jam pelajaran per semester.
Struktur kurikulum sebagai gambaran mengenai penerapan prinsip kurikulum mengenai posisi seorang peserta didik dalam menyelesaikan pembelajaran di suatu satuan atau jenjang pendidikan. Lebih lanjut, struktur kurikulum menggambarkan posisi belajar seorang peserta didik yaitu apakah mereka harus menyelesaikan seluruh mata pelajaran yang tercantum dalam struktur, ataukah kurikulum memberi kesempatan kepada peserta didik untuk menentukan berbagai pilihan sesuai minat dan kemampuannya.
Struktur kurikulum Madrasah Aliyah terdiri atas: Kelompok mata pelajaran wajib yang diikuti oleh seluruh peserta didik Madrasah Aliyah. Kelompok mata pelajaran peminatan harus diikuti oleh peserta didik sesuai dengan bakat, minat, dan kemampuannya. Mata pelajaran pilihan lintas minat, untuk tingkat Madrasah Aliyah Pemintaan ilmu-ilmu Keagamaan dapat menambah dengan mata pelajaran kelompok peminatan ilmu-ilmu alam, sosial ataupunn bahasa, demikian juga berlaku untuk peminatan Matematika dan dan Bahasa. Adapun struktur kurikulum Madrasah Aliyah sebagai berikut:
Tabel Struktur Kurikulum 2013 Peminatan Matematika dan Ilmu Alam Madrasah Aliyah
Tabel Struktur kurikulum 2013 Peminatan Ilmu-Ilmu Sosial Madrasah Aliyah
Tabel Struktur Kurikulum 2013 Peminatan Ilmu Bahasa dan Budaya Madrasah Aliyah 
Tabel Struktur Kurikulum 2013 Peminatan Ilmu-Ilmu Keagamaan Madrasah Aliyah
- Selain kegiatan intrakurikuler seperti yang tercantum di dalam struktur kurikulum di atas, terdapat pula kegiatan ekstrakurikuler pada tingkat Madrasah Aliyah antara lain Pramuka (Wajib), Palang Merah Remaja (PMR), Rohani Islam (Rohis), Olah Raga, Seni Islami, Karya Ilmiah Remaja, dan lain sebagainya.
- Kegiatan ekstra kurikuler dilaksanakan dalam rangka mendukung pembentukan karakter islami dan sikap sosial peserta didik, terutamanya adalah sikap peduli terhadap orang lain dan lingkungan. Di samping itu, juga dapat dipergunakan sebagai wadah dalam penguatan pembelajaran berbasis pengamatan maupun dalam usaha memperkuat kompetensi keterampilannya dalam ranah konkrit. Dengan demikian, kegiatan ekstra kurikuler ini dapat dirancang sebagai pendukung kegiatan kurikuler.
- Jumlah alokasi waktu jam pembelajaran ektrakurikuler setiap kelas merupakan jumlah minimal yang dapat ditambah sesuai dengan kebutuhan peserta didik.
Beban belajar merupakan keseluruhan kegiatan yang harus diikuti peserta didik dalam satu minggu, satu semester, dan satu tahun pembelajaran.
- Beban belajar di Madrasah Aliyah dinyatakan dalam jam pembelajaran per minggu.
- Beban belajar satu minggu Kelas X adalah 51 jam pembelajaran.
- Beban belajar satu minggu Kelas XI dan XII adalah 51 jam pembelajaran.
- Durasi setiap satu jam pembelajaran adalah 45 menit.
- Beban belajar di Kelas X, XI, dan XII dalam satu semester paling sedikit 18 minggu dan paling banyak 20 minggu.
- Beban belajar di kelas XII pada semester ganjil paling sedikit 18 minggu dan paling banyak 20 minggu.
- Beban belajar di kelas XII pada semester genap paling sedikit 14 minggu dan paling banyak 16 minggu.
- Beban belajar dalam satu tahun pelajaran paling sedikit 36 minggu dan paling banyak 40 minggu.
Setiap satuan pendidikan boleh menambah jam belajar per minggu berdasarkan pertimbangan kebutuhan belajar peserta didik dan/atau kebutuhan akademik, sosial, budaya, dan faktor lain yang dianggap penting.